中国科学院は傘下に104か所の研究機関を有しているが、このうち規模、科学技術力、研究開発成果などにおいて、優れた研究機関を26か所取り上げる。

中国科学院の主要研究機関

大連化学物理研究所

中国科学院の主要研究機関

中国科学院・金属研究所

中国科学院の主要研究機関

合肥物質科学研究院

中国科学院の主要研究機関

自動化研究所

中国科学院の主要研究機関

中国科学院・物理研究所

中国科学院の主要研究機関

高エネルギー物理研究所

中国科学院の主要研究機関

長春光学精密機械・物理研究所

中国科学院の主要研究機関

深圳先進技術研究院

中国科学院の主要研究機関

長春応用化学研究所

中国科学院の主要研究機関

プロセス工学研究所

中国科学院の主要研究機関

化学研究所

中国科学院の主要研究機関

半導体研究所

中国科学院の主要研究機関

生物物理研究所

中国科学院の主要研究機関

上海マイクロシステム・情報技術研究所(上海微系統所)

中国科学院の主要研究機関

空天院 

中国科学院の主要研究機関

上海光学精密機械研究所

中国科学院の主要研究機関

海洋研究所

中国科学院の主要研究機関

武漢ウィルス研究所

中国科学院の主要研究機関

西北生態環境資源研究院

中国科学院の主要研究機関

昆明動物研究所

中国科学院の主要研究機関

上海珪酸塩研究所

中国科学院の主要研究機関

国家天文台